Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant du village.

Il y a de cela douze ans, le Kyûbi, un démon ayant la forme d'un renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau-né : Naruto Uzumaki. Le quatrième Hokage se sacrifia ainsi pour sauver le village de Konoha. 

L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre le Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraine dur afin de devenir genin,qui est  le premier niveau chez les ninjas.

Deux ans et demi se sont écoulés depuis que Naruto Usumaki est parti suivre son entraînement en compagnie de Jiraya. Il revient de son voyage à l'âge de 15 ans. Après son retour une terrible menace pèse sur Konoha et sur le monde entier... Se sentant plus fort, Naruto partira également à la recherche de son ami Sasuke Uchiha. Lors de son périple il aura à affronter les terribles membres d'Akatsuki qui sont à la recherche des Bijuu. Une énorme et passionnante aventure l'attend.